如果网站被百度标注为风险网站，可以在百度站长平台上提交申诉。

具体步骤如下：

(1)登录百度站长平台：使用您的百度账号登录百度站长平台。

(2)进入安全验证页面：在左侧菜单栏中选择“网站安全”，进入安全验证页面。

(3)选择申诉类型：在安全验证页面中，选择“网站风险申诉”选项。

(4)填写申诉信息：填写申诉信息，包括网站地址、联系方式、申诉原因等。在填写申诉原因时，要详细说明网站已经清理干净，并提供相应证明，如杀毒软件扫描报告、安全防护设置截图等。

(5)提交申诉：确认无误后，点击“提交申诉”按钮，等待审核结果。

值得注意的是，提交申诉后，百度会对网站进行审核，一般需要几天时间。如果申诉被通过，网站将从风险名单中移除;如果审核未通过，可以根据不同情况修改网站内容并重新提交申诉。